【佳学基因检测】科研服务:RNAseq基因检测中的SRA数据获取
大规模高通量RNAseq基因测序基因检测中的数据获取:
RNAseq数据数据库,根据佳学基因的基因信息数据库构建标准这是一类大量存储RNA测序数据的资料库,英语常被称为Sequence Read Archive, 大量机构将其翻译为序列读取档案库。但是作为一家根植于中国市场的基因信息科技机构,佳学基因采用RNAseq测序数据库。从RNASeq数据库(SRA)中,获取人类组织的序列,以及用来验证、增强证据的实验模型动物小小鼠的序列进行分析。在分析过程中,佳学基因选择采用华大智造或者是Illumina RNA seq的测序列批量或全转录本单细胞测序数据分析。佳学基因采用Entrez API获得的NCBI SRA元数据中解析并运行SRA的元数据(参见佳学基因:SRA数据集的选择)。对于GTEXV8,佳学基因从SRA和国家云计算云平台获得序列数据,从GTEXPortal的注释部分获得元数据。对于TCGA,佳学基因使用GDC下载客户端工具获得了测序数据,并从早期的运行软件中再次使用经过整理的元数据。