【佳学基因检测】RET基因突变检测_RET基因检测
受体酪氨酸激酶RET基因活化突变是多种恶性肿瘤的致癌基因。保留激酶结构域的RET基因重排是乳头状甲状腺癌、非小细胞肺癌和多个其他癌症发生驱动基因。活化RET突变导致了2型内分泌肿瘤及散发性髓样甲状腺癌的临床表现的多样性。因此，RET是RET的肿瘤致病性突变患者的一个很有希望的治疗靶点。佳学基因在对肿瘤的驱动基因进行基因解码的过程中，详细分析了RET基因导致肿瘤发生的机理，通过分析具有RET抑制剂活性的多激酶抑制剂，如卡博扎坦、范德坦等，在临床上对携带有RET活化肿瘤驱动突变的肿瘤治疗进行了研究，临床疗效较低。由于这些多激酶抑制剂的非选择性，患者有非靶向的不良反应，如高血压、皮疹和腹泻。这导致这些药物的治疗指标狭窄，限制了在临床上使用有效的RET抑制剂的剂量。相反，贼近发现并经过临床验证的RET高特异性RET抑制剂（Pralestinib，Selperctinib）显示出疗效得到改善，药物毒性降低，将改变将改变RET突变患者的癌症治疗方案。这些药物在具有有RET肿瘤驱动突变的多种肿瘤中具有广泛的活性。对这些药物耐药机制的研究是佳学基因肿瘤正确用药的下一步研究的领域。对RET肿瘤驱动突变的知识进行介绍，并推广应用RET基因突变基因检测，将进一步深化这一个性化治疗策略的应用。
受体酪氨酸激酶RET（转染过程中重排）在肾脏和神经系统的发育中起着重要作用。如果基因突变导致该激酶的活化异常，便会导致多种癌症或肿瘤的发生，成为肿瘤发生的驱动基因。保留激酶区的RET融合突变是乳头状甲状腺癌（PTC）、非小细胞肺癌（NSCLC）和其他多种癌症的驱动因素。活化RET突变与多种内分泌肿瘤2型（MEN2）及散发性髓样甲状腺癌（MTC）的表型有关。因此，RET是携带有RET致瘤性突变癌症患者的一个有吸引力的治疗靶点。近年来，佳学基因对具有辅助抑制RET活性的多激酶抑制剂（MKIs）进行了研究，这些研究对象包括卡博桑替尼和范德尼布。在使用过程中发现，高血压、腹泻等非特异性脱靶不良反应限制了患者可耐受的剂量。相反，贼近研究发现并经过临床验证了新一代高选择性RET抑制剂（Pralsenib/BLU667，Selperctinib/LOXO-292），结果表明，这新一代药物不仅提高了疗效，而且毒性更低，这将改变RET基因突变携带者的治疗方案，进一步提升佳学基因肿瘤850等正确用药基因检测后的指导意见。
RET基因的肿瘤驱动突变
RET在癌症中主要通过染色体重排激活，染色体重排产生包含RET激酶结构域的融合基因（图2）和RET蛋白胞外和胞质区域的功能获得错义突变（图3）。除了这些机制外，野生型RET表达水平的增加与几种癌症的发病机制有关。
RET的重排激活肿瘤驱动突变
RET重排体细胞突变，产生包括编码激酶结构域的RET的3′序列和来自其他重排伙伴基因的5′序列。RET的染色体断点通常出现在内含子11内，这导致融全基因仅仅包含RET蛋白质的细胞质部分。有时，一些断点出现在内含子7和10内，产生含有RET跨膜结构域的嵌合蛋白。迄今为止，已有超过35个基因通过重排与RET形成融合基因。这些伙伴基因可以为融合蛋白提供二聚化结构域，如卷曲螺旋结构域、30 Lis1同源（LisH）结构域、不育结构域（sterile α motif,SAM）域。
RET融合蛋白可以通过多种方式激活下游通路。通过融合到RET的激酶结构域，二聚化结构域可以介导RET激酶的非配体组成性激活。如Kohno等人35所述，RET融合可以增加RET的表达，KIF5B-RET融合使得RET的转录比正常肺组织高2到30倍。融合蛋白功能发生改变是另一个因素。其中一个同RET发生融合的基因，PRKAR1A，是一种肿瘤抑制基因，在Carney综合征患者中失去活性。Carney综合征是一种常染色体显性综合征，携带有这一融合基因的人具有多种肿瘤的风险。PRKAR1A-RET融合不仅激活了RET，还使PRKAR1A失去抑制肿瘤发生的功能。
佳学基因解码认为RET重排的内在原因是DNA双链不忠实的修复，它通过非同源的端连接、断裂诱导复制和其他复杂的重排产生。各种非细胞和细胞原因可能导致双链断裂，例如电离辐射和遗传毒性化学物质或应激因子（例如缺氧和复制应激）诱导的脆弱位点。
在人类癌症中，RET重排贼初在1987年在PTC中被发现，贼近的临床数据表明，RET重排发生在10%-20%的PTCs中。因为放射线的影响而产生的放射性PTCs中RET重排的发生率要高得多。例如，在过去日本接触切尔诺贝利放射性放射性辐射或原子弹的PTC患者中，大约有50%-80%的患者报告了这些变化。这些重排在儿童中比患有PTC的成年人更为常见，至少部分原因是儿童甲状腺滤泡细胞的增殖率高，因此这些细胞对DNA损伤的敏感性比成人细胞更高。在PTC患者中，CCDC6-RET和NCOA4-RET是贼常见的RET重排，它们是通过染色体10长臂上的互逆或非互易的副中心反转而产生的。PTC中RET重排和BRAF突变在很大程度上是互斥的。除了PTC外，RET重排在其他类型甲状腺癌中的患病率低得多，如间变性甲状腺癌、滤泡性甲状腺癌和髓样甲状腺癌。
在过去的几十年中，佳学基因在多种癌症中发现RET重排，这些肿瘤包括但不限于NSCLC、Spitz肿瘤和spitzoid黑色素瘤、慢性粒单核细胞白血病、结直肠癌和乳腺癌。在非小细胞肺癌中，RET基因重排的检出率约为1%-2%。在腺癌尤其明确，而且具有独特的临床病理特征：相对年轻(≤ 60岁），有更多的低分化肿瘤，并且很少或没有吸烟史。基因解码表明，非小细胞肺癌EGFR突变药物奥西美替尼耐药的一个原因是RET融合。临床证明，联合应用RET抑制剂和EGFR抑制剂可以克服这种耐药机制。有趣的是，RET重排肺癌患者通常表现出低水平的PD-L1表达和低的肿瘤突变负担，并且在免疫治疗方面效果不佳。另一项研究表明，与非免疫抑制剂治疗相比，RET基因突变患者使用免疫检查点抑制剂（ICIs）的中位进展时间更短。
RET突变的基因检测方法
在针对肿瘤的靶向用药的基因检测中，没有统一的检测方法。对不确知RET重排是否有必要纳入检测指标的时候，尤其如此。目此，临床上检测RET重排的方法有几种。一般来说，免疫组化检测RET重排并不高效。逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和荧光原位杂交（FISH）都是种敏感而有效的方法。然而，正如在基因检测与基因解码所做出的众多比较所指出的一样。RT-PCR基因检测法不足以检测新的融合基因或异构体。使用双色断裂点探针的FISH无法识别特定的融合伙伴。此外，基因解码所普遍采用的下一代测序（NGS）可以同时检测肿瘤样本中的基因融合突变和体细胞突变。靶向RNAseq也是对DNA测序的补充，它能够识别DNA测序不能检测到的、可以做为药物靶点的基因突变。
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(责任编辑：佳学基因)
