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【佳学基因检测】如何找到更多的找到影响骨关节炎发病的基因检测位点并提供临床服务

【佳学基因检测】如何找到更多的找到影响骨关节炎发病的基因检测位点并提供临床服务。骨关节炎风险基因突变序列的鉴定: 骨关节炎基因检测位点研究团队对来自 9 个人群的 13 个国际队列的多达 826,690 人(177,517 名骨关节炎患者)的基因突变与骨关节炎发生的关系进行了 GWAS 基因检测荟萃分析。与迄今为止贼大的骨关节炎 GWAS 基因检测分析相比,骨关节炎患者数量增加到2

佳学基因检测】如何找到更多的找到影响骨关节炎发病的基因检测位点并提供临床服务
 

骨关节炎风险基因突变序列的鉴定:

骨关节炎基因检测位点研究团队对来自 9 个人群的 13 个国际队列的多达 826,690 人(177,517 名骨关节炎患者)的基因突变与骨关节炎发生的关系进行了 GWAS 基因检测荟萃分析。与迄今为止贼大的骨关节炎 GWAS 基因检测分析相比,骨关节炎患者数量增加到2.3 倍。其中两个队列是东亚人,11 个队列是欧洲人后裔。在进行分析时,骨关节炎基因检测位点分析团队将骨关节炎患者分成了 11 种表型组,涵盖骨关节炎的所有主要部位(图 1;STAR 方法)。骨关节炎基因检测位点分析团队使用 p < 1.3 × 10-8 的阈值发现了 11,897 个全基因组显着相关的单核苷酸变异 (SNV),以说明独立测试的有效数量。骨关节炎基因检测位点分析团队在表型内应用了条件分析并确定了 223 个独立关联,其中一些在表型之间重叠(图 1;表 1)。这一次分析增加了 84 个基因检测位点,它们在骨关节炎基因检测位点分析团队分析之前没有被确定为与骨关节炎之间存在相关性。骨关节炎基因检测位点分析团队还在这一数据分析中数据库中已经存在的骨关节炎基因检测位点,在数据中存在的96个位点,其中 87 个骨关节炎基因检测位点在如何影响骨关节这一关联上得到进一步的证实。

基因检测位点的分析结构图

 
(A) 骨关节炎基因检测位点分析时对骨关节炎的11 种临床分类:关节炎表型、性别特异性分析、它们之间的关系及其样本量(病例/对照)的概述。 TKR,全膝关节置换术; THR,全髋关节置换术。
 
(B) 所有 11 种检查的骨关节炎表型的所有个体荟萃分析结果的合并曼哈顿图。 虚线表示全基因组显着性阈值 p = 1.3 × 10−8。
 
(C) 所有主要全基因组显着独立骨关节炎相关单核苷酸变异 (SNV) 及其相关的骨关节炎表型的图形概述。
 

1:所有全基因组显着骨关节炎相关 SNV 的总结结果

 

全基因组关联研究 病例/对照 信号 新信号 已知信号
所有骨关节炎 177,517/649,173 21 8 13
膝关节和/或髋关节骨关节炎 89,741/400,604 31 9 22
髋骨关节炎 36,445/316,943 45 17 28
膝关节骨性关节炎 62,497/333,557 24 11 13
全髋关节置换术 23,021/296,016 38 12 26
全膝关节置换术 18,200/233,841 10 4 6
全关节置换 40,887/327,689 37 12 25
手骨关节炎 20,901/282,881 7 5 2
手指骨关节炎 10,804/255,814 5 3 2
拇指骨关节炎 10,536/236,919 4 2 2
脊柱骨关节炎 28,3721/3057,578 1 1 0
全部的   223 84 139
跨表型的总独立信号c   100 52 48

性别分析

女性全髋关节置换术 11,089/67,516 2 2 0
女性全骨关节炎 90,838/192,697 1 1 0

早发性骨关节炎分析

早期所有骨关节炎 6,838/41,449 1 1 0
此处报告的信号是全基因组显着的 (p < 1.3 × 10 -8 ),早发分析除外 (p < 5 × 10 -8 )。
a病例是任何部位的骨关节炎:髋、膝、手、手指、拇指和脊柱。
b信号数基于定义的骨关节炎表型,新的/已知的基于先前报告的骨关节炎位点。
c在骨关节炎表型内部和之间计算的独立性,主要 SNV 被分配给贼重要的表型。
 

2:100 个独立的全基因组显着 SNV 的汇总统计

 

骨关节炎表型 其他骨关节炎表型 SNV 位置:位置 EA 能源局 电炉 或者 95% 可信区间 p 注解 贼近的基因 权重组
新的 SNV

手指OA   RS11588154 1:55301936 G 0.17 0.83 0.79–0.88 6.08 × 10 -10 内含子 C1orf177 2个
髋关节OA 苏氨酸 rs4411121 1:118757034 C 0.31 1.07 1.05–1.09 2.16 × 10 -11 基因间 SPAG17 0
苏氨酸 HipOA、TJR rs1327123 1:184014593 C G 0.35 0.91 0.89–0.93 2.44 × 10 -16 基因间 15 0
拇指OA   RS11588850 1:227927242 一个 G 0.82 0.87 0.84–0.91 3.53 × 10 -10 内含子 SNAP47 2个
膝髋骨关节炎 膝骨关节炎 rs74676797 2:633063 一个 G 0.82 1.05 1.03–1.07 6.39 × 10 -10 基因间 TMEM18 0
苏氨酸 髋关节OA rs66989638 2:106689736 一个 G 0.13 1.12 1.08–1.15 3.31 × 10 -11 内含子 C2orf40 1个
苏氨酸   rs2276749 3:11643465 C 0.05 0.86 0.82–0.90 3.34 × 10 -9 错义p.Ile37Met VGLL4 1个
全OA   rs62242105 3:20630395 一个 G 0.33 0.97 0.96–0.98 2.93 × 10 -9 基因间 RNU6-815P 北美
髋关节OA   rs781661531 3:187051013 C 7 × 10 -4 0.11 0.05-0.21 8.36 × 10 -11 基因间 RTP4 北美
髋关节OA   rs747952496 3:188311659 一个 G 4 × 10 -4 7.02 3.93–12.55 4.91 × 10 -11 内含子 LPP 北美
髋关节OA   RS9835230 3:189735461 一个 G 0.24 1.07 1.04–1.09 1.34 × 10 -9 内含子 LEPREL1 1个
全OA SpineOA rs201194999 4:66666895 C 0.3 0.88 0.85–0.92 3.05 × 10 -9 基因间 RNU2-40P 1个
全OA   rs11729628 4:121584282 G 0.24 0.97 0.96–0.98 4.74 × 10 -9 基因间 RP11-501E14.1 北美
苏氨酸   RS75686861 4:145621328 一个 G 0.09 1.12 1.08–1.16 3.04 × 10 -9 内含子 HHIP 0
膝骨关节炎   rs2066928 5:30843787 一个 G 0.48 0.96 0.95–0.97 1.20 × 10 -8 基因间 RPL19P11 1个
苏氨酸 髋关节OA rs56132153 5:67825133 一个 C 0.61 1.07 1.05–1.09 3.80 × 10 -9 内含子 CTC-537E7.1 0
手办OA   rs1560080 5:115338732 一个 G 0.83 0.91 0.88–0.94 9.61 × 10 -9 内含子 水质PEP 1个
膝髋骨关节炎 TJR、AllOA、HipOA、THR rs17615906 5:128018413 C 0.84 0.95 0.93–0.96 3.76 × 10 -11 内含子 SLC27A6 1个
手办OA 拇指骨关节炎、膝骨关节炎 rs10062749 5:141805088 G 0.27 1.08 1.06–1.11 2.04 × 10 -09 内含子 AC005592.2 1个
手指OA 手办OA RS9396861 6:18404133 一个 C 0.61 1.13 1.09–1.17 9.35 × 10 -11 内含子 RNF144B 2个
台积电   rs2038740 6:35114542 C 0.72 0.94 0.93–0.96 6.20 × 10 -10 内含子 TCP11 1个
台积电   rs116934101 7:101775597 一个 G 0.27 1.106 1.04–1.08 7.12 × 10 -9 内含子 CUX1 1个
全OA   rs12667224 7:114024316 一个 G 0.52 0.97 0.96–0.98 1.66 × 10 -9 内含子 FOXP2 北美
膝髋骨关节炎   rs571734653 7:137143697 一个 C 3 × 10 -4 6.03 3.30–11.03 5.56 × 10 -9 内含子 DGKI 北美
TKR   rs7787744 7:150521096 一个 G 0.67 1.08 1.05–1.11 1.29 × 10 -9 上游基因 AOC1 0
台积电   rs76340814 9:98321412 一个 G 0.05 0.89 0.86–0.92 1.87 × 10 -9 基因间 RP11-332M4.1 0
苏氨酸 HipOA、TJR、膝关节OA RS79895530 9:110416422 C 0.13 0.88 0.85–0.91 3.86 × 10 -14 基因间 RNU6-996P 0
髋关节OA   rs7862601 9:118343026 一个 G 0.62 0.94 0.92–0.96 6.19 × 10 -9 基因间 RP11-284G10.1 0
髋关节OA   rs10983775 9:120521100 C 0.54 0.95 0.93–0.97 4.65 × 10 -9 基因间 RP11-281A20.2 0
髋关节OA   rs10465114 9:129917824 一个 G 0.22 1.06 1.04–1.09 9.04 × 10 -9 内含子 RALGPS1 0
苏氨酸 髋关节OA rs3740129 10:73767859 一个 G 0.46 1.08 1.05–1.10 1.70 × 10 -11 错义 p.Arg357Gln CHST3 0
台积电   rs10824456 10:78615458 C G 0.58 10.95 0.94–0.97 1.16 × 10 -8 基因间 KCNMA1 1个
手办OA 苏氨酸 rs3993110 11:12794530 一个 C 0.61 1.09 1.06–1.11 3.75 × 10 -11 内含子 TEAD1 1个
膝髋骨关节炎   rs1631174 11:47974373 一个 C 0.34 1.04 1.03–1.05 7.28 × 10 -9 监管区域 PTPRJ 1个
TKR 膝骨关节炎 rs72979233 11:74355523 一个 G 0.75 0.92 0.89–0.95 2.52 × 10 -9 内含子 POLD3 1个
台积电 AllOA、膝关节OA、HipOA、THR rs10831475 11:95796907 一个 G 0.81 1.08 1.05–1.10 5.89 × 10 -12 内含子 MAML2 1个
膝髋骨关节炎 膝骨关节炎、全膝关节置换术 rs10842226 12:23959589 一个 G 0.42 1.04 1.03–1.06 4.68 × 10 -10 内含子 SOX5 1个
TKR 膝骨关节炎 rs7967762 12:48420214 C 0.16 1.11 1.07–1.15 4.41 × 10 -10 上游基因 RP1-228P16.4 1个
膝骨关节炎   rs1426371 12:108629780 一个 G 0.27 10.95 0.93–0.97 8.86 × 10 -10 内含子 WSCD2 0
膝骨关节炎   rs58973023 13:42959133 一个 0.49 1.06 1.04–1.08 4.72 × 10 -10 基因间 FABP3P2 1个
台积电   rs28929474 14:94844947 C 0.02 0.81 0.76–0.86 1.06 × 10 -10 错义p.Glu366Gln SERPINA1 0
苏氨酸 髋关节OA rs746239049 15:63067433 0.21 0.90 0.87–0.93 8.19 × 10 -12 内含子 TLN2 0
膝骨关节炎   rs12914479 15:99174828 C G 0.66 1.04 1.03–1.06 7.12 × 10 -9 基因间 RP11-35O15.1 0
膝骨关节炎   rs6500609 16:4515334 C G 0.11 0.94 0.91–0.96 5.16 × 10 -9 内含子 NMRAL1 1个
台积电   rs227732 17:54769890 C 0.3 1.06 1.04–1.09 1.61 × 10 -9 基因间 木栓 0
膝髋骨关节炎 HipOA, AllOA RS9908159 17:54841961 C 0.51 1.04 1.03–1.05 4.44 × 10 -11 基因间 C17orf67 1个
全OA   rs1039257158 18:77950448 C 6 × 10 -4 3.62 2.35–5.60 6.56 × 10 -9 内含子 PARD6G 北美
膝髋骨关节炎   rs551471509 19:9943264 C 6 × 10 -4 0.18 0.10–0.32 1.15 × 10 -8 上游基因 CTD-2623N2.11 北美
手办OA 手指OA rs8112559 19:46390455 C G 0.89 1.13 1.09–1.18 7.32 × 10 -11 上游基因 IRF2BP1 2个
台积电   rs9981884 21:40585633 一个 G 0.49 0.95 0.94–0.97 7.93 × 10 -9 内含子 BRWD1 1个
膝骨关节炎   rs11705555 22:28206912 一个 C 0.76 1.05 1.03–1.07 3.00 × 10 -9 监管区域 MN1 1个
苏氨酸 TJR、HipOA rs12160491 22:38195796 一个 G 0.71 0.93 0.90–0.95 1.28 × 10 -10 基因间 H1F0 0

此前报道

髋关节OA THR、TJR、AllOA、KneeHipOA rs11164653 1:103464210 C 0.41 0.92 0.91–0.94 2.77 × 10 -18 内含子 COL11A1 1个
全OA   1:150214028 1:150214028 0.38 1.04 1.02–1.05 8.58 × 10 -10 基因间 RNU2-17P 北美
台积电   rs10797923 1:183901966 C 0.69 1.05 1.04–1.07 6.20 × 10 -9 内含子 科尔加特2 0
台积电 膝关节骨关节炎、膝关节骨关节炎、髋关节骨关节炎、THR rs2605100 1:219644224 一个 G 0.32 1.07 1.05–1.09 4.49 × 10 -15 基因间 RP11-95P13.1 1个
膝髋骨关节炎 膝骨关节炎 rs7581446 2:33423801 C 0.48 0.95 0.94–0.97 4.87 × 10 -11 内含子 LTBP1 1个
全OA HipOA、TJR、THR、ThumbOA、KneeHipOA、HandOA rs3771501 2:70717653 一个 G 0.47 1.04 1.03–1.05 4.05 × 10 -15 内含子 TGFA 北美
全OA   rs62182810 2:204387482 一个 G 0.54 1.03 1.02–1.04 3.82 × 10 -9 内含子 RAPH1 北美
苏氨酸 膝髋骨关节炎、TJR、髋关节骨关节炎 rs3774354 3:52817675 一个 G 0.37 1.10 1.07–1.12 1.40 × 10 -16 内含子 ITIH1 0
台积电 TKR、HipOA、AllOA、KneeOA、THR、KneeHipOA rs1530586 4:1760927 C 0.8 1.09 1.06–1.11 3.34 × 10 -14 监管区域 TACC3 0
苏氨酸 TJR、HipOA、KneeHipOA、AllOA rs1913707 4:13039440 一个 G 0.6 1.09 1.06–1.11 1.23 × 10 -13 基因间 RNU6-962P 1个
全OA HipOA, 膝关节OA rs13107325 4:103188709 C 0.07 1.08 1.06–1.10 3.25 × 10 -17 错义p.Ala391Thr SLC39A8 0
膝髋骨关节炎 髋关节OA rs3884606 5:170871074 一个 G 0.52 0.96 0.95–0.97 8.96 × 10 -10 内含子 FGF18 1个
髋关节OA   rs79220007 6:26098474 C 0.93 0.90 0.87–0.93 2.22 × 10 -9 3_prime_UTR 高炉 0
膝髋骨关节炎   rs2856821 6:33046742 C 0.79 1.11 1.03–1.06 5.71 × 10 -9 内含子 HLA-DPA1 0
苏氨酸 膝髋骨关节炎、髋关节骨关节炎、TJR rs17288390 6:45384018 C 0.65 0.92 0.90–0.94 9.16 × 10 -13 内含子 运行X2 0
苏氨酸 HipOA、TJR RS9475400 6:55638258 C 0.1 1.15 1.10–1.19 1.73 × 10 -13 内含子 BMP5 0
苏氨酸 HipOA、TJR rs12209223 6:76164589 一个 C 0.11 1.22 1.18–1.26 1.92 × 10 -29 内含子 菲利普1 1个
髋关节OA 苏氨酸 rs111844273 7:18436337 一个 G 0.02 1.26 1.18–1.34 1.05 × 10 -12 内含子 HDAC9 0
苏氨酸 髋关节OA rs143083812 7:128843410 C 1.1 × 10 -3 3.30 2.34–4.66 1.11 × 10 -11 错义p.Arg173Cys SMO 北美
苏氨酸 HipOA、TJR rs11984666 8:130730280 一个 C 0.2 0.90 0.87–0.92 1.69 × 10 -15 基因间 RP11-274M4.1 0
膝髋骨关节炎 膝骨关节炎 rs10974438 9:4291928 一个 C 0.65 1.04 1.03–1.06 7.39 × 10 -11 内含子 全球信息系统3 1个
膝髋骨关节炎 TKR, 膝骨关节炎, TJR, AllOA rs72760655 9:116916214 一个 C 0.33 1.05 1.03–1.06 5.97 × 10 -13 上游基因 COL27A1 1个
苏氨酸 髋关节OA rs1330349 9:117840742 C G 0.59 1.10 1.07–1.12 6.47 × 10 -17 内含子 跨国公司 0
苏氨酸 HipOA、TJR rs1321917 9:119324929 C G 0.41 1.10 1.08–1.13 9.87 × 10 -19 内含子 ASTN2 1个
苏氨酸 髋关节OA rs62578126 9:129375338 C 0.37 0.92 0.90–0.94 1.39 × 10 -12 内含子 RP11-123K19.1 0
膝髋骨关节炎 台积电 rs1517572 11:28829882 一个 C 0.41 1.04 1.03–1.05 6.79 × 10 -10 内含子 RP11-115J23.1 1个
苏氨酸 HipOA、TJR rs67924081 11:65342981 一个 G 0.74 1.10 1.07–1.12 2.14 × 10 -13 上游基因 EHBP1L1 1个
苏氨酸 髋关节OA rs34560402 11:66872320 C 0.06 0.86 0.82–0.90 2.64 × 10 -10 基因间 KDM2A 0
膝髋骨关节炎   rs1149620 11:76506572 一个 0.44 0.96 0.95–0.97 2.87 × 10 -9 内含子 TSKU 1个
手指OA   rs7294636 12:15054016 一个 G 0.37 1.16 1.12–1.20 2.99 × 10 -16 内含子 C12orf60 1个
苏氨酸 TJR, 膝髋骨关节炎, 髋关节骨关节炎 rs10843013 12:28025196 一个 C 0.78 0.86 0.84–0.88 2.53 × 10 -30 基因间 RP11-993B23.1 0
苏氨酸 髋关节OA rs17120227 12:59289349 C 0.07 1.17 1.12–1.22 7.21 × 10 -13 内含子 LRIG3 0
膝髋骨关节炎 台积电 rs7953280 12:94136009 C G 0.5 1.04 1.03–1.06 4.84 × 10 -12 内含子 CRADD 0
膝骨关节炎   rs753350451 12:123732769 0.2 0.93 0.91–0.95 3.36 × 10 -10 内含子 C12orf65 0
台积电 HipOA、THR rs1809889 12:124801226 C 0.28 1.07 1.05–1.09 5.70 × 10 -14 下游基因 FAM101A 0
膝骨关节炎 膝髋骨关节炎 rs4380013 15:50759428 一个 G 0.19 1.06 1.04–1.08 8.73 × 10 -10 内含子 USP8 1个
手办OA KneeOA、TKR、FingerOA、ThumbOA rs11071366 15:58334244 一个 0.61 0.90 0.88–0.92 4.88 × 10 -17 内含子 乙醛脱氢酶1A2 1个
髋关节OA TJR、THR、膝关节OA、AllOA rs12908498 15:67366488 C G 0.54 1.08 1.06–1.10 1.85 × 10 -16 内含子 SMAD3 1个
膝髋骨关节炎 TJR, HipOA, 膝骨关节炎 RS9940278 16:53800200 C 0.43 1.06 1.04–1.07 1.45 × 10 -18 内含子 自由贸易组织 1个
膝骨关节炎 TKR rs34195470 16:69955690 一个 G 0.45 0.95 0.94–0.96 3.13 × 10 -13 内含子 WWP2 0
全OA TKR、膝髋骨关节炎、膝骨关节炎 rs216175 17:2167690 一个 C 0.83 1.04 1.03–1.06 2.74 × 10 -12 内含子 SMG6 北美
苏氨酸 髋关节OA rs7212908 17:59654593 一个 G 0.8 0.91 0.89–0.94 1.95 × 10 -11 基因间 NACA2 0
苏氨酸 TJR、HipOA rs2716212 17:67503653 一个 G 0.62 0.93 0.91–0.95 3.56 × 10 -10 内含子 MAP2K6 0
全OA 膝骨关节炎 rs10405617 19:10752968 一个 G 0.32 1.03 1.02–1.04 9.33 × 10 -11 内含子 SLC44A2 北美
台积电 全OA rs75621460 19:41833784 一个 G 0.03 1.21 1.14–1.28 2.72 × 10 -10 内含子 转化生长因子B1 1个
苏氨酸 HipOA、TJR rs4252548 19:55879672 C 0.02 1.39 1.29–1.49 2.49 × 10 -19 错义p.Arg33His IL11 1个
膝骨关节炎 AllOA、TJR、KneeHipOA、TKR rs143384 20:34025756 一个 G 0.59 1.07 1.06–1.09 1.01 × 10 -23 5_prime_UTR GDF5 1个
苏氨酸 台积电 RS9981408 21:40017446 G 0.23 1.10 1.07–1.12 2.21 × 10 -12 内含子 尔格 0

女性专用

苏氨酸   rs116112221 2:59439973 C 6.1 × 10 -3 1.95 1.58–2.41 4.61 × 10 -10 上游基因 FALCL1 北美
苏氨酸   rs10282983 8:69590554 C 0.22 1.15 1.11–1.19 2.21 × 10 -14 内含子 C3ORF34 北美
全OA   rs10453201 9:34050345 C 0.22 1.05 1.02–1.06 1.05 × 10 -8 上游基因 UBAP2 北美

早发性

全OA   rs148693048 8:24598320 C 0.0012 6.26 3.26–12.00 3.37 × 10 -8 内含子 NEFM 北美
缩写:骨关节炎 (OA) 表型,与全基因组显着关联的 OA 表型 (p < 1.3 × 10 -8 ) 除了早发性分析 (p < 5 × 10 -8); 其他骨关节炎表型,在 GWS 水平上与此 SNV 相关但不如 OA 表型显着的其他 OA 表型;AllOA,任何联合站点的OA;KneeOA,膝关节 OA;HipOA,髋骨关节炎;KneeHipOA、KneeOA 和/或 HipOA;TJR,全膝关节和/或髋关节置换术;TKR,全膝关节置换术;THR,全髋关节置换术;SpineOA,脊柱骨关节炎;FingerOA,手指的OA;ThumbOA,拇指骨关节炎;HandOA、FingerOA 和/或 ThumbOA;EA,效应等位基因;NEA,无效应等位基因;EAF,效应等位基因频率;或者,比值比;95% CI,OR 的 95% 置信区间;根据 grch37 Ensembl REST API 的注释,贼严重的后果,如果错义,则根据人类基因突变数据库命名法提供氨基酸变化;NearestGene,根据 grch37 Ensembl REST API 的贼近基因;WtGrp,信号属于哪个负重组 (p < 5 × 10 -4 ),0 = 仅负重,1 = 负重和非负重,2 = 仅非负重,NA = 由于不完整而未分类所有表型、女性特定关联或 AllOA 关联的信息。
 
 
 
 

(责任编辑:佳学基因)
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