【佳学基因检测】流产基因检测的数据库分析过程及术语介绍

妇产科基因检测导读

将流产胎儿的组织样本送往采用数据库比对技术的实验室进行检测分析（佳学基因可以采用数据库比对分析和基因解码分析）。采用基于全外显子测序的杂合子变异检测的的敏感性为98%，平均40×测序覆盖率。致病性评估的分析流程采用国际公认的方法进行。成对的末端序列读取被转换成FASTQ格式，并与参考人类基因组汇编GRCh37/hg19一致(https://genome.ucsc.edu/). 在使用基因组分析工具包（GATK）和AnnoVar进行变异注释后，使用包括基因组聚合数据库（gnomAD）在内的数据库对等位基因频率和疾病引用进行筛选，https://gnomad.broadinstitute.org/)、机构内部分析数据库，ClinVar数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/)，OMIM数据库(https://www.omim.org)和其他的电子版属性。突变基因的突变频率如果在在3%以上者排除在进一步分析之外。

根据ACMG标准和指南，等位基因频率<3%的变体分为致病性、可能致病性、不确定显著性变体（VUS）、可能良性变体和良性变体。对于需要进行分析的样本，内部规则应用VUS有利致病性（VUSfp）的附加标准，主要包括罕见的错义良性变异率低的基因变异和邻近的错义变异被报道为致病变异。这些VUSfp的其他有害影响

通过聚苯醚、筛分和计算机辅助设计（CADD）等分析工具进一步分析。致病性、可能致病性和VUSfp被认为是诊断价值的变体。VUSs和良性或可能的良性变异不在进一步的分析范围内。Sanger验证了诊断值的变异排序。聚合酶链反应（PCR）变体两侧的引物列于补充表S1中。纯化后的PCR产物提交给耶鲁大学DNA测序机构进行Sanger测序。变量注释、过滤和分类方案如所示。
 

临床实用性和遗传病因学评估

通过致病基因检出率（PGDR）来评估治疗妊娠损失基因检测的临床应用效果。简单地说，总的ADR是用具有检出致病性突变的病例数与入分析的病例总数相除得到的。比较自发性流产组（胎死<20周）和死胎组（胎死≥20周）的致病基因检出率，评估不同年龄组和不同孕期的致病基因检出率。

致病性和导致妊娠损失的原因进一步与OMIM内基因的关系、遗传模式和疾病种类进行进一步分析。