【佳学基因检测】晚期肺癌患者血浆游离 DNA 的超深度下一代测序：Actionable Genome Consortium 的结果

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讨化肿瘤分子诊断与基因分析《肿瘤靶向药物选择的基因突变标准》《Am J Hum Genet》在 2021 Aug 5; 108(8): 1436–1449发表了一篇题目为《晚期肺癌患者血浆游离 DNA 的超深度下一代测序：Actionable Genome Consortium 的结果》肿瘤靶向药物治疗基因检测临床研究文章。该研究由Danny E. Miller,∗ Arvis Sulovari, Tianyun Wang, Hailey Loucks, Kendra Hoekzema, Katherine M. Munson, Alexandra P. Lewis, Edith P. Almanza Fuerte, Catherine R. Paschal, Tom Walsh, Jenny Thies, James T. Bennett, Ian Glass, Katrina M. Dipple, Karynne Patterson, Emily S. Bonkowski, Zoe Nelson, Audrey Squire, Megan Sikes, Erika Beckman, Robin L. Bennett, Dawn Earl, Winston Lee, Rando Allikmets, Seth J. Perlman, Penny Chow, Anne V. Hing, Tara L. Wenger, Margaret P. Adam, Angela Sun, Christina Lam, Irene Chang, Xue Zou, Stephanie L. Austin, Erin Huggins, Alexias Safi, Apoorva K. Iyengar, Timothy E. Reddy, William H. Majoros, Andrew S. Allen, Gregory E. Crawford, Priya S. Kishnani, University of Washington Center for Mendelian Genomics, Mary-Claire King, Tim Cherry, Jessica X. Chong, Michael J. Bamshad, Deborah A. Nickerson, Heather C. Mefford, Dan Doherty, and Evan E. Eichler,∗∗等完成。促进了肿瘤的正确治疗与个性化用药的发展，进一步强调了基因信息检测与分析的重要性。

肿瘤靶向药物及正确治疗临床研究内容关键词：

浆细胞游离 DNA,下一代测序,肺癌,致癌驱动因素

肿瘤靶向治疗基因检测临床应用结果

背景：使用无浆细胞 DNA (cfDNA) 的基因分型有可能避免癌症患者对某些侵入性活检的需要，同时还可以阐明疾病的异质性。我们试图为非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者开发一种超深等离子下一代测序 (NGS) 检测方法，该检测方法可以检测组织活检未能确定可操作改变的患者的靶向致癌驱动因素和耐药突变. 患者和方法 前瞻性收集晚期进展性非小细胞肺癌患者的血浆。我们使用从血浆中提取的 cfDNA 和匹配的白细胞进行超深度 NGS，使用覆盖 37 个肺癌相关基因的混合捕获组进行测序，以 50 000 倍的原始目标覆盖率过滤可归因于克隆性造血的体细胞突变。计算已知致癌驱动因素的血浆检测的临床敏感性和特异性，并与组织基因分型结果进行比较。在部分病例中进行了正交 ddPCR 验证。结果：在 127 名可评估患者中，血浆 NGS 检测到变异等位基因分数范围为 0.14% 至 52% 的驱动突变。 EGFR 或 KRAS 突变的血浆 ddPCR 显示 22 名患者中有 21 名的结果与血浆 NGS 的结果几乎相同，变异等位基因分数的一致性很高 (r = 0.98)。对组织基因型视而不见，血浆 NGS 对已知致癌驱动因素的从头血浆检测的敏感性为 75% (68/91)。在组织 NGS 为驱动因子阴性的患者中，血浆 NGS 的特异性为 100% (19/19)。在 17 名肿瘤组织被认为不足以进行基因分型的患者中，血浆 NGS 确定了四个 KRAS 突变。在 23 例对靶向治疗具有获得性耐药的 EGFR 突变病例中，血浆 NGS 检测到潜在的耐药机制，包括 EGFR T790M 和 C797S 突变以及 ERBB2 扩增。结论 具有克隆造血过滤的超深血浆 NGS 导致从头检测可靶向的致癌驱动因素和耐药机制在非小细胞肺癌患者中，包括当组织活检不足以进行基因分型时。关键词：浆细胞游离 DNA，下一代测序，肺癌，致癌驱动因素

肿瘤发生与反复转移国际数据库描述：

 plasma cell-free DNA, next-generation sequencing, lung cancer, oncogenic drivers