加醇沉淀
用醇沉淀的目的是使核酸从裂解体系中沉淀下来，从而实现核酸与其它杂质–主要是盐的分离。就核酸而言，标准的醇沉淀要求有一定的盐及某一比例的醇用量，但这决不是说这些盐是必不可少的或者醇的比例是不可更改的。实际操作中不难发现，当裂解体系中核酸的浓度达到一定水平后，单独使用醇也可以使核酸沉淀下来；或者含有盐，使用低比例的醇也可以使核酸沉淀下来，这样的话，得率可能会降低。当碰到问题，判断其主要是纯度原因时，有效可以通过调整沉淀条件来改善。
洗涤
洗涤原理与目的： 洗涤是非常重要的，首先一定要将沉淀悬浮起来；第二就是要控制一定的时间，尤其是当核酸沉淀比较大时；第三是少量多次；第四则是去上清要有效。对于质量好的离心管，上清可以去除得非常有效，否则其残留量多到会影响后续的实验。可以通过倒掉液体后再短暂离心，将残液用移液器吸出。
由于残液中都含有上一步操作中的杂质，其残留量与混匀程度、核酸沉淀的大小都有关。挥发时去掉的是乙醇，杂质是不会被挥发去除的。另外，核酸沉淀的大小及裂解液的裂解能力也决定了洗涤的强度。沉淀越大，裂解液的裂解能力越强，洗涤越要有效：放置时间相对要长一点，洗涤次数也要考虑增加。当然，乙醇浓度的选择也非常重要，一般情况，洗涤要用室温的 75% 乙醇。
核酸溶解与保存
核酸溶解： DNA 溶解方法多提倡使用 TE 溶解，其中原因是有人认为 EDTA 可以减少 DNA 被可能残留下来的 DNase 降解的风险。如果操作过程控制得当，DNase 的残留几乎是可以忽略的，有效可以直接使用 Tris 或者水 (pH 接近 7) 溶解 DNA。
核酸保存：基本上，核酸在保存中的稳定性，与温度成反比，与浓度成正比。一般在-20℃保存。如果温度不合适，核酸发生降解或者消失，首要原因是酶残留导致的酶解，第二个原因则是保存核酸溶液的 pH 值不合适导致的水解 ，RNA 在弱酸性更稳定，而 DNA 在弱碱性更合适。
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