【佳学基因检测】RNAseq科研服务单细胞测序基因检测中的基因和外显子定量分析

佳学基因单轨分析中使用Megadepth分析STAR输出的拼接对齐BAM文件。Megadepth生成一个代表每个基因组基础覆盖深度的bigWig文件。Megadepth还总结了提供的BED文件中定义的基因组间隔内的测序覆盖率。佳学基因通过从一个或多个基因注释中获取所有不相交的外显子间隔来构建这个BED文件。这使佳学基因可以为合作科研提供能够使用Megadepth对间隔进行量化，然后在聚合步骤中将结果数量相加为所有相关注释的外显子和基因水平数量。

鉴于Megadepth对不相交的外显子间隔的覆盖率，Monorail的聚合器使用一个定制工具将这些加总为一整套带注释的基因和外显子。结果是一个标签分隔值（TSV）文件，包含一组基因注释中所有基因和外显子的覆盖率总和。这是数据在重新统计中采用的形式；作为一个TSV文件，它一般与各种编程语言和分析环境兼容。当科研外包研究人员使用R/Bioconductor软件包获取此数据时，软件包会将TSV文件转换为RangedSummarizedExperiment对象，其中包含所有相关的行和列元数据。