【佳学基因检测】深化乳腺癌的基因原因，基因检测更有帮助

肿瘤科基因检测

《乳腺癌的发病原因的基因检测分析》指出，大量的原发性乳腺肿瘤基因组表征揭示了显著的肿瘤间异质性，并且为早期乳腺癌的分子分类提供了更细致的视角，这对预后和治疗选择具有重要意义。早期乳腺癌中也存在肿瘤内基因组异质性，突显出原发性肿瘤内部的复杂克隆结构。

原发性肿瘤的肿瘤微环境（TME）在不同乳腺癌亚型中表现出差异，尤其是在适应性免疫反应方面。尽管已有对一些早期乳腺癌适应性免疫反应的性质、免疫编辑状态以及T细胞受体（TCR）库的多样性进行了分析，但有关转移性病变的信息仍然缺乏。

大规模基因检测与基因解码分析已经揭示了乳腺癌转移的基因组和转录组学特征，并对匹配的原发性肿瘤与转移性肿瘤进行了全基因组测序，确定了在转移性肿瘤中相较于原发性肿瘤富集的靶点。尽管这些研究样本数量庞大，但通常仅限于单个转移样本。

转移性乳腺癌中可以观察到基因组进化，这一现象初期在个别病例中被记录。一些尸检病例报告揭示了不同转移中的靶向治疗基因组耐药机制的异质性。最近，两项对多个转移灶进行分析的小规模尸检研究证实了转移间的显著异质性。

然而，乳腺癌的基因解码开始多重疗法耐药性乳腺癌的多个转移灶进行全面的分子分析，包括对恶性病灶、TME区域和TCR库的检查，这是一咱系统性基因解码。佳学基因肿瘤基因解码在此分享对10例致命多重耐药性乳腺癌患者的温尸检中多个个体转移灶进行了广泛的多平台分子分析，包括DNA测序、RNA测序、TCR测序、H&E切片数字病理学和免疫组织化学。通过这一基因解码，佳学基因检测能够表征个体转移灶中的突变和拷贝数变异（CNA）情况，推断其克隆祖先，评估各转移灶中的TME特征，识别预测的新抗原，并分析转移灶中的TCR库，从而为经历多种全身疗法的致命乳腺癌提供详细的分子特征。

乳腺癌基因检测在诊断与治疗中的作用

肿瘤的基因解码基因检测对10例接受多种疗法的乳腺癌患者进行了尸检，收集了多区域转移样本并进行了全面的分子分析，重点探讨了致死性癌症中基因组畸变、肿瘤微环境（TME）特征和T细胞适应性免疫反应的异质性。这是一项少有的系统性的、深具规模综合分析，尽管之前有基因解码分析了部分肿瘤样本的DNA，但相对较少。

基因组分析结果显示，转移性肿瘤中的私有驱动突变相对较少，几乎所有驱动的拷贝数变化（CNA）和单核苷酸变异（SNV）都在所有转移或其子集之间共享。随着转移的发生，转移性干细胞和进化枝突变积累了更高比例的乘客突变等位基因，这意味着它们在功能上可能受到抑制。

在6个病例中，对可用的原发样本进行了靶向深度测序，确认了一部分测试突变与手术切除的肿瘤相关。然而，在其中五个病例中，深度测序未能识别出一些关键的转移性干细胞突变和大多数的转移性进化枝突变，这可能是因为转移性细胞可能来源于未在原发肿瘤中采样的次要克隆。这一发现提示需要关注转移性肿瘤的空间异质性。

通过基因组系统发育分析，基因解码表明每个病例中的多个转移瘤分为少数进化枝，显示出由共同祖先衍生的特征。每个进化枝在解剖上分布到一个或多个靶器官中，转移的基因组几乎完全分离，仅在有限数量的情况下观察到不同进化枝之间的交叉播种。

这种转移模式的研究为乳腺癌的治疗策略提供了重要见解。传统上，转移级联的观点集中在单个细胞的播种，但佳学基因解码发现循环肿瘤细胞（CTC）簇在转移过程中具有显著的转移潜力。这种对转移机制的理解，有助于更好地制定个体化治疗方案。

分析的10个病例均为接受多线靶向治疗和化疗的患者，显示了多重疗法对乳腺癌治疗的影响。整体而言，这项研究为乳腺癌的基因检测在诊断与治疗中的应用提供了重要的分子依据，并强调了在制定个体化治疗策略时考虑肿瘤的遗传特征和微环境的重要性。
 

乳腺癌基因检测在耐药机制与免疫应答中的作用

在引乳腺癌基因解码中，对10例接受过多种靶向治疗（包括激素治疗和抗Her2）以及化疗的乳腺癌患者进行分析，发现每位患者均对治疗产生了耐药性。虽然患者数量较少且治疗类型多样，无法明确耐药机制，但病例308显示出所有转移灶均存在典型的ESR1激活突变，可能与激素治疗的耐药性相关。这一发现与其他两个病例形成对比：病例288中部分转移灶丧失了雌激素受体（ER）表达，而在病例290中则同时出现了ER表达丧失和ESR1激活突变。这表明，识别这些不同形式的耐药性可能需要进行多次转移性活检。

对致死性转移性乳腺癌的尸检进行的综合分析提供了独特的机会，探讨了跨区域转移的恶性肿瘤与TME之间的相互作用。研究发现，大多数预测的新抗原来源于转移性干细胞和进化枝突变，这与肺癌研究中的结果相似。免疫选择在转移中较为少见，表明大多数晚期乳腺癌处于免疫逃逸阶段。

转移中的TME组成及其空间结构表现出异质性，这种多样性可能影响免疫检查点抑制剂的治疗效果。例如，PD1和PDL1在不同转移中的表达水平各异，HLA缺失的发生则显示肿瘤细胞在进化过程中可能通过避免呈现新抗原来逃避免疫监视。

适应性免疫系统的有效性主要取决于肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）中T细胞受体（TCR）库的多样性。尽管不同患者之间的TCR共享水平较低，但许多TCR在所有转移灶（干细胞TCR）或至少两个转移灶（进化枝TCR）中共享。这表明针对肿瘤新抗原的特定TCR可能在转移部位表现出克隆优势。尽管未能确定克隆不平等与肿瘤内异质性或新抗原负担之间的关联，但其他因素如趋化因子可能会影响T细胞的迁移和增殖。

在特定转移器官内，TCR的相似性较高，表明在同一患者的不同转移灶中，TCR库可能针对特定器官进行调整。这样的观察结果表明，转移往往来源于共同的基因组祖先。在对四个病例的并行全外显子组测序（WES）和TCR测序数据的分析中，发现基因组系统发育树与TCR库的相似性高度一致，支持癌症基因组与TCR库共同进化的假设。

这些发现对基于T细胞的免疫疗法具有重要意义，特别是在开发针对新抗原的疫苗时，可以为提高治疗效果提供新的方向和依据。
 

乳腺癌转移中的T细胞受体（TCR）库与基因组进化的关系

这个乳腺癌基因检测的结果表明，肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）中的TCR库针对特定转移器官进行了调整，且转移瘤常常具有共同的基因组祖先。在对四个病例的转移瘤进行平行全外显子组测序（WES）和TCR测序分析时，发现基因组系统发育树与TCR库的Jaccard树结构高度相似。这一发现通过生态学工具的正式测试得到了统计学支持，进一步验证了转移瘤的基因组和TCR库共同进化的假说。

此外，另一种可能的解释是，具有组织特异性TCR库的驻留T细胞可能会渗透到转移瘤中，导致观察到的TCR相似性。这种组织间TCR库的差异可能是影响转移性癌细胞克隆进化的关键因素。这些发现对基于T细胞的免疫疗法具有深远影响，特别是在设计针对新抗原的疫苗时，应考虑不同转移部位的TCR组成差异。同时，针对患者的过继性T细胞疗法也应反映转移部位之间的反应性差异。

值得注意的是，转移灶间共享的TCR以及大多数新抗原在多个转移灶中共享的现象，可能为基于T细胞的疗法和免疫检查点抑制剂的优化提供新的思路，从而在所有转移灶中有效激发抗肿瘤反应。

乳腺部癌基因原因了解的深化对多区域转移的致命乳腺癌进行了广泛分析，为理解转移的传播与发展、药物耐药机制的变化、预测的新抗原景观及其与肿瘤微环境（TME）的关系，以及T细胞适应性免疫反应与转移基因组的共同进化提供了独特视角。这些数据提示研究界应考虑启动一项致命癌症基因组计划，旨在对具有详细治疗暴露史的患者的大量尸检病例进行研究，以建立关于治疗耐药性和癌症免疫逃逸机制的详细综合图谱。