【佳学基因检测】软组织和骨肿瘤基因检测分子病理学共识与标准

主容编辑和审核：《软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识（2022版）》编写专家委员会 

出版日期： 2022 -10 -08 ·  

DOI： 10.3760/cma.j.cn112151-20220601-00480

英文标题：

Expert consensus and Standard on Genetic & Molecular Pathology Testing of Soft Tissue and Bone Tumor (2022 version)

摘要

随着基因解码技术和高通量测序技术的广泛应用，软组织和骨肿瘤分子病理学及基因检测领域迅速发展。为了更好地引导和规范这些技术在软组织和骨肿瘤疾病中的应用，专家委员会于2019年在《中华病理学杂志》发表了《软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识（2019年版）》。该共识和标准在指导临床诊疗方面发挥了重要作用。为了与时俱进，《软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识（2022版）》结合了该领域的贼新进展，对2019年版共识进行了全面的更新和修订。新版共识涵盖了实验室规范、分子诊断、基因检测标准以及临床治疗等多个方面，旨在更好地满足临床诊疗的需求。

版权归中华医学会所有。

软组织和骨肿瘤分子病理学发展十分迅速，其不仅在传统的诊断和鉴别诊断中起着非常重要的作用，而且在临床治疗策略制定和肿瘤生物学行为预测等方面也具有重要的价值。另外，分子遗传学异常的软组织和骨肿瘤新病种报道在不断涌现，软组织和骨肿瘤分类的基础正在从形态学分类转向分子分类，以期达到正确诊治。为更好指导和规范分子病理学检测在软组织与骨肿瘤中的应用，中华医学会病理学分会骨和软组织疾病学组、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会骨与软组织肿瘤协作组、中国抗癌协会肉瘤专业委员会病理学组和中国研究型医院学会病理学专业委员会组织专家对《软组织和骨肿瘤分子病理学检测专家共识（2019年版）》［ 1 ］进行了修订，更新了分子病理学检测在软组织和骨肿瘤领域中的应用，供临床和病理医师在日常工作中参考。

一、软组织和骨肿瘤分子病理学检测注意事项

开展分子病理学检测时应注意以下事项：（1）分子病理室的总体要求（包括质量管理体系文件、实验室的区域设置、开展的检测项目和应用的试剂、检测人员/数据分析人员/报告签署医师等人员的资质等）应参考相应的管理办法、工作导则、指南和共识［ 2 , 3 , 4 , 5 ］；（2）从事临床基因扩增检验的分子病理实验室需通过临床基因扩增检验实验室技术审核。从事临床基因扩增检验实验的技术人员需经过临床基因扩增检验实验技术人员上岗培训；（3）二代测序检测推荐在中国合格评定国家承认委员会（CNAS）或美国病理学家协会（CAP）/美国临床实验室改进法案修正案（CLIA）认证或承认的分子病理室进行；（4）分子病理室应具有严格的室内质控措施，定期进行室间质评，包括由国家病理质控中心和国家卫生健康委员会临床检验中心权威机构组织的基因检测能力评估，并有持续的质量高效和改进计划，以确保实验室质量管理体系符合标准；（5）当分子病理学检测结果与临床病理诊断严重不符时，尤其是检测结果与临床治疗密切相关时，需仔细分析原因，必要时进行验证或重复检测；（6）当采用不同的分子检测方法结果有差异时需考虑第3种分子检测方法进行验证。

二、推荐常规采用荧光原位杂交（FISH）检测分子遗传学异常

1. 检测基因重排：

越来越多的软组织和骨肿瘤涉及染色体易位，并产生融合基因。采用简便、快捷的FISH检测相关基因重排有助于软组织和骨肿瘤的诊断和治疗［ 6 ］。目前FISH检测常用的探针为断裂-分离探针（break-apart probe），可帮助判断某种基因是否有重排（ 表1 ），但不能明确具体的融合基因。使用时需注意：（1）由于不能明确具体的融合伙伴基因，对于一些不同类型的肿瘤可涉及同一基因重排（如EWSR1、NCOA2基因等）时，FISH检测结果要注意辨证分析；（2）由于重排发生于小的基因组区域或复杂事件导致的重排或未明原因下，可能断裂信号不典型，判读为假阴性，不能因此而排除某种类型肿瘤的诊断，如EWSR1：：ERG融合阳性尤因肉瘤FISH检测EWSR1可为阴性［ 7 ］，采用CIC断裂探针也有漏检一部分CIC：：DUX4肉瘤的情形［ 8 ］；（3）特殊的断裂伴扩增信号可能是诊断或预后判断的线索，如小圆细胞肉瘤出现EWSR1基因断裂伴5′扩增可能是EWSR1：：NFATC2肉瘤的诊断线索。另外软组织和骨肿瘤FISH检测涉及的探针较多，大多数单位或机构推荐储备一些常用断裂分离探针，如EWSR1、SS18、ALK、USP6和TFE3等，以协助检测相对常见瘤种的基因重排。

表1采用荧光原位杂交（断裂分离探针）检测软组织和骨肿瘤中的基因重排

2. 检测融合基因：

少数情况下，采用融合探针检测融合基因优于采用断裂-分离探针检测基因重排（ 表2 ），如检测隆突性皮肤纤维肉瘤中的COL1A1：：PDGFB融合基因时宜采用融合探针，另一种情况是当2个融合基因位于同一染色体相邻近区域时应采用融合探针，如检测BCOR：：CCNB3肉瘤中的BCOR：：CCNB3融合基因和EWSR1：：PATZ1肉瘤中的EWSR1：：PATZ1融合基因等。一些不同类型的肿瘤共享相同的融合基因（如EWSR1：：ATF1融合基因等），诊断时需结合组织学形态和免疫组织化学（IHC）等其他辅助检查进行综合判断。

表2:采用荧光原位杂交（融合探针）检测软组织和骨肿瘤融合基因

3. 检测基因扩增或缺失：

部分软组织和骨肿瘤涉及基因扩增或缺失，也可通过FISH检测（ 表3 ）。需要注意的是，部分位置相邻的基因可能出现共扩增，如第12号染色体长臂上的CDK4、DDIT3、FRS2、GLI1、MDM2和STAT6基因。另外，肿瘤中出现缺失或突变的基因（如RB1、NF1、CDKN2A和SWI/SNF复合物相关基因等）可能作为驱动基因或伴随基因改变参与多种肿瘤发病机制，因此其对鉴别诊断的辅助价值必须结合病理形态学判断。

表3:采用荧光原位杂交检测软组织和骨肿瘤基因扩增和缺失

4. 验证其他分子检测结果：

通过二代测序检测获得的分子检测结果可通过采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）和/或FISH检测加以验证。

三、推荐仍以一代测序（Sanger测序）为主要手段检测软组织和骨肿瘤的基因突变

部分软组织和骨肿瘤具有相关基因突变，检测这些基因突变对肿瘤的诊断和治疗具有重要参考价值，如检测胃肠间质瘤KIT/PDGFRA基因突变、骨巨细胞瘤H3F3A基因突变和梭形细胞/硬化性横纹肌肉瘤MYOD1基因突变等（ 表4 ）。这些基因变异与肿瘤类型关系明确，往往只需进行单基因检测，并且癌基因常有突变热点区域，因此目前仍推荐以一代测序（Sanger测序）为主要手段检测软组织和骨肿瘤的基因突变，但抑癌基因往往没有热点，涉及外显子多，变异类型多，一代测序工作量大，并可能遗漏大片段重排，有条件的实验室也可用二代测序进行检测。除体系突变外，部分基因为胚系突变，特别是遗传性病例，包括APC、CTG2、DICER1、NF1、SDHx和SMARCB1等，对于有遗传史及相关临床病理特点的患者，如肿瘤组织中检测到基因变异应进一步进行胚系突变验证或直接进行胚系检测。

表4:软组织和骨肿瘤基因突变检测

注：a部分基因涉及胚系突变，如APC、DICER1、FH、LZTR1、NF1、NF2、PRKAR1A、SDH亚单位、SMARCB1、SMARCA4和VHL等；b部分基因突变可见于多瘤种，但基因突变检测结合病理学形态对某些肿瘤的诊断和鉴别诊断有一定的价值，如CDKN2A/B、NF1和NRAS等

四、推荐将RT-PCR作为分子检测验证手段

RT-PCR仅限于检测已知的融合基因，可与FISH或二代测序配伍，主要用于进一步明确融合基因的伴侣基因及具体的融合位点。判断融合亚型在部分肿瘤（如滑膜肉瘤、腺泡状横纹肌肉瘤等）中可帮助预测肿瘤生物学行为。需注意的是，RT-PCR以RNA为基础，常因石蜡组织中提取的RNA质量差而失败。此外，RT-PCR也以PCR为基础，容易因PCR交叉污染而出现假阳性。RT-PCR需设置两种污染对照：一种为无RNA模板的对照（检测PCR试剂的污染），另一种是无逆转录酶的对照（检测患者RNA样本污染）。有条件的单位可开展实时RT-PCR，减少交叉污染的危险性。

五、推荐有条件的医疗机构积极开展二代测序检测

二代测序检测在临床诊疗中具有一定优势：（1）可以同时涵盖数百个基因，检测范围更广；（2）同时检测所有位点的多种变异类型，避免遗漏某些变异类型，可为初诊患者提供完整的正确分型及治疗策略指导；（3）能评估肿瘤突变负荷（tumor mutation burden，TMB）和微卫星不稳定性（microsatellite instability，MSI）等免疫治疗相关的分子标志物；（4）避免单基因检测带来的样本耗竭和时间延误，能快速地为后续评估提供依据［ 9 ］。

1. 推荐联合采用DNA测序和RNA测序检测：

RNA测序是DNA测序的补充，能检测到DNA测序未检测到的融合，可能原因在于：（1）基因内含子序列冗长和存在重复序列，DNA探针难以全面覆盖；（2）携带融合变异的肿瘤细胞占比低，低于检测DNA的灵敏度；（3）复杂的转录或转录后的剪接加工过程可能会影响基因组融合/重排的真实性。

2. 合理采用二代测序检测：

二代测序检测费用高、周期长，在临床实践中应注意合理采用二代测序检测。软组织和骨肿瘤二代测序检测主要包括：（1）部分软组织和骨肿瘤难以通过IHC和FISH等常规辅助检测确诊，此时需要借助二代测序检测来确定是否存在分子遗传学异常，以协助病理诊断。（2）分子分型。软组织肿瘤类型繁多，但根据分子遗传学异常，可对包括脂肪肉瘤、横纹肌肉瘤以及骨和软组织小圆细胞未分化肉瘤等在内的肿瘤进行分子分型等［ 10 ］。（3）发现新病种。通过二代测序检测和其他分子检测手段验证，越来越多的新病种被报道，包括第5版WHO软组织和骨肿瘤分类中纳入的新病种（EWSR1：：SMAD3阳性纤维母细胞肿瘤和NTRK重排梭形细胞肿瘤等），以及新近文献上陆续报道并有望成为新类型的GLI1遗传学改变的软组织肿瘤、EWSR1：：CREB阳性恶性上皮样肿瘤和YAP1：：KMT2A阳性肉瘤等（ 表5 ）［ 11 ］。（4）其他分子检测的复检手段。临床实践中可出现常规分子检测结果不一致的情况，此时可采用二代测序检测进行复检以进一步明确。（5）指导临床靶向和免疫治疗。对考虑接受特异性靶向治疗或免疫治疗的骨与软组织肿瘤患者，通过二代测序技术或平台验证靶向药物相关的基因或潜在基因以及免疫检查点抑制剂生物标志物等。

表5:采用二代测序检测辅助诊治的软组织和骨肿瘤类型

注：a孤立性纤维性肿瘤根据镜下形态结合STAT6标记也可作出明确诊断
 

3. 理性对待二代测序检测结果：

（1）DNA测序检测结果中如出现罕见易位伴侣/断点、复杂融合突变等，需要在RNA水平（如RT-PCR、RNA测序等）和蛋白水平（IHC）进行验证，明确转录和翻译过程中是否有功能产物的形成；
（2）RNA测序对组织样本要求高，否则影响RNA提取质量，结果存在假阴性可能；
（3）当肿瘤内出现多个基因改变时，其对肿瘤诊断分类的意义、肿瘤形成过程中的作用及可能的对治疗的影响，需结合形态学及免疫表型，甚至查阅数据库和文献，给予合理解释；
（4）二代测序发现的新融合的意义需要结合形态学、免疫表型判断，甚至需要聚类分析、DNA甲基化图谱等新兴技术手段帮助明确诊断及进行肿瘤分类。

六、推荐有条件的医疗中心开展分子检测多平台和研发建设

推荐有条件的医疗中心进行分子检测多平台建设，并具有研发新技术或新手段的能力，包括实验室自建检测方法（laboratory developed tests，LDT），以适应临床各种诊治需求。其他一些检测技术包括基于二代测序技术平台的全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）和全外显子组测序（whole exome sequencing，WES），以及基因表达谱分析（gene expression profiling，GEP）、甲基化检测、单细胞测序、液体活检、蛋白组学和外泌体等可作为科研探索。

七、推荐采用免疫组织化学标志物辅助诊断部分具有分子遗传学异常的软组织和骨肿瘤

根据软组织和骨肿瘤的分子改变或基因表达谱而研制的抗体有着一定的辅助诊断价值（ 表6 ），可通过IHC辅助诊断具有分子遗传学异常的软组织和骨肿瘤［ 12 ］，尤其适合在基层单位开展。如ALK辅助诊断炎性肌纤维母细胞瘤，MUC4辅助诊断低度恶性纤维黏液样肉瘤和硬化性上皮样纤维肉瘤，DDIT3辅助诊断黏液样脂肪肉瘤，SS18-SSX辅助诊断滑膜肉瘤等。需注意的是，也有一些抗体并不特异，如Fli-1、TLE1、SATB2和BCOR等，应辨证分析。

表6: 免疫组织化学标志物协助诊断具有分子遗传学改变的软组织和骨肿瘤

八、分子检测有助于临床制定治疗策略

1. 软组织和骨肿瘤化疗：

根据对化疗的相对敏感性，软组织肉瘤大致分为高度敏感、敏感、中度敏感、不敏感和极不敏感5种类型（ 表7 ），病理医师熟悉这些与化疗密切相关的肿瘤类型，对部分肿瘤采用IHC标记或FISH检测，从而作出正确病理诊断，有助于临床医师制定相关的治疗策略。

表7:软组织肉瘤化疗敏感性与免疫组织化学和分子检测

2. 软组织和骨肿瘤靶向和免疫治疗：

肉瘤靶向治疗主要涉及血管生成（VEGF/VEGFR）、细胞周期（CDK4/6抑制剂和MDM2抑制剂）、持续增殖信号通路（甲磺酸伊马替尼、mTOR、ALK和NTRK抑制剂）、肿瘤微环境（抗PD1、GM-CSF和抗RANKL等）、表观遗传学（EZH2抑制剂）和DNA修复（PARP抑制剂）等方面。目前能应用靶向或免疫治疗的软组织和骨肿瘤类型还十分有限（ 表8 ），除骨巨细胞瘤、胃肠道间质瘤、隆突性皮肤纤维肉瘤和炎性肌纤维母细胞瘤等有限的几种肿瘤以外，大多数尚处在临床试验中，但有着良好的应用前景。如上皮样肉瘤尝试采用EZH2抑制剂，去分化脂肪肉瘤尝试采用哌帕西利和阿贝西利等。另一些药物也在临床实验中，如MDM2抑制剂（Milademetan）和PARP抑制剂（Olaparib、Niraparib、Talazoparib）等［ 13 , 14 ］。此外，随着免疫检查点抑制剂在多种肿瘤中被证实有效，免疫治疗在软组织肉瘤中的应用也日益得到重视，包括联合其他药物（如伊匹单抗）治疗等。二代测序可协助检测免疫检查点抑制剂生物标志物，包括错配修复基因缺陷（mismatch repair-deficient，dMMR）/微卫星高度不稳定性（microsatellite instability-high，MSI-H）和高肿瘤突变负荷（tumor mutation burden-high，TMB-H）等。不同肿瘤TMB-H阈值不同。dMMR/MSI-H、TMB-H是获美国食品药品监督管理局（FDA）批准、不限组织学类型的免疫治疗生物标志物，有这类改变的患者将有可能从免疫治疗中获益。

表8:软组织和骨肿瘤分子检测与靶向、抗血管生成和免疫治疗

注：a这些类型肿瘤常规病理即可作出明确诊断，但临床可分别采用靶向、抗血管生成和免疫治疗
 

3. 遗传学咨询：

部分骨和软组织肿瘤涉及家族性或遗传性背景［ 15 ］，如Ⅰ型（NF1基因）和Ⅱ型神经纤维瘤病（NF2基因）、Gardner综合征（APC基因）、家族性胃肠间质瘤（KIT/PDGFRA基因）、遗传性副神经节瘤-嗜铬细胞瘤综合征（SDH亚单位）、遗传性平滑肌瘤病和肾细胞癌综合征（FH基因）和希佩尔-林道综合征（VHL基因）等，可涉及相应基因胚系突变，有条件的单位可开展遗传学咨询并制定相应策略或措施。

免责声明 本共识仅代表本编写专家委员会观点，供从事软组织和骨肿瘤分子检测的各单位参考实际情况使用。本编写专家委员会不对因使用本共识而引起的直接或间接损失承担任何责任

编写专家委员会 中华医学会病理学分会骨和软组织疾病学组、中国抗癌协会肿瘤病理专业委员会骨与软组织肿瘤协作组、中国抗癌协会肉瘤专业委员会病理学组、中国研究型医院学会病理学专业委员会

顾问 朱雄增 范钦和 黄啸原 蒋智铭 王瑞琳