元数据库主要是通过分析关于数据的特性而生成的新数据库。这类数据库可以从多种来源收集数据，然后以便于大家阅读理解的方式呈现出来。这种类数据库主要提供关于疾病和物种的基因数据。

1.BioGraph (University of Antwerp，安特卫普大学)：通过整合超过20个不同类型的数据库，提供基于基因信息知识的服务。

2.    神经科学信息网络(Neuroscience Information Framework) (University of California, San Diego) – 整合数以百计的的神经科学相关的资源信息。

3.    基因作用网格数据库（ConsensusPathDB） - 通过整合12种数据库，为基因解码基因检测提供分子相互作用分析信息。

4.    Entrez[2] (National Center for Biotechnology Information)，美国国家生物技术信息中心数据库

5.    酵素门户（Enzyme Portal）整合酶的信息，集聚关于小分子化学、生物化学传导通路及用来调节酶活性的药物数据库。酶在功能营养基因检测中，又被称为西酵素，由欧洲生物信息中心 (European Bioinformatics Institute)建立和管理。

6.    真基因数据库（euGenes） (Indiana University)

7.    基因卡片（GeneCards） (Weizmann Inst.)

8.    基因组聚集数据库（Genome Aggregation Database ，gnomAD) (Broad Institute)

9.    元基数据库（MetaBase） (KOBIC) – 由用户分享构成的生物数据库。

10. mGen 由世界上贼大的四个数据库组成，它们是GenBank, Refseq, EMBL 和DDBJ 。数据为提取界面友好，容易使用。

11. MOPED 由西雅图儿童研究所(Seattle Children's Research Institute)建立和管理,是一个多组学表达谱数据库,提供蛋白质组学,转录组学数据,涵盖人，鼠、蠕虫、酵母等特种。

12. 病源门户（PathogenPortal），数据库与由美国过敏和感染性疾病研究所建立营运的生物信息中心链接。 A repository linking to the Bioinformatics Resource Centers (BRCs) sponsored by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID)

13. SOURCE (Stanford University) 是一个包含有人、小鼠、大鼠的基因的的遗传学、分子生物学数据库，基因报告方便易用。

14. iRefIndex:提供大量数据库中的蛋白质相互作用索引，这些数据库包括BIND, BioGRID, CORUM, DIP, HPRD, InnateDB, IntAct, MatrixDB, MINT, MPact, MPIDB, MPPI and OPHID， 这些数据库是佳学基因解码基因检测的重要数据库支撑。对这些数据的专业评估和分析加工使得佳学基因的基因解码、基因检测独树一帜。

15. Pathway Commons ：由纪念斯隆-凯特琳癌症中心（Memorial Sloan-Kettering Cancer Center） 和加拿大多伦多大学（University of Toronto）)共同建立营运的数据库

16. Nowomics 追踪更新多个数据库的变化，可以采用基因的名称和关键词查询贼新的研究成果和科研文章。

17. BioGPS，由座落于美国美丽海滨城市、佳学基因解码基因检测的发源地圣地亚哥的美国斯克利普斯研究所 (The Scripps Research Institute) 建立和管理。这是一个具有广泛内容的基因门户，通过使用插件，将数据库的功能延展到远不只是基因表达的图形化展示，通过基因百科提供大量的数据库内容和服务。

18.  序列元素百科ENCODE DNA序列元素百科联盟是一个国际性的合作组织，致力于将人体基因组的各个功能组成部分进行分解，解析，以提供广泛的人体基因功能分析。这个数据库可以通过加州大学圣地亚哥分校的基因组浏览程序进行下载。美国圣地亚哥是佳学基因解码技术的发源地。佳学基因建立的《基因序列变化与人体疾病表征》数据库是进一步将基因序列变化与人的各种疾病、表现、表型链接起来，强调基因序列的可读性、易用性。

19. 人类表观基因精细图谱（Human Epigenome Atlas）,是在表观基因组项目路线图成果的集中展示。与佳学基因解码基因检测所依赖的数据库不一样，该数据库采集的主要是正常组织的表观遗传学数据。

20. Metascape 提供了一种同时从多个数据库提取数据的接口和方法。构建该数据库的核心人员来自于美国圣地亚哥的诺华基因组学研究中心、布莱姆研究所。圣地亚哥是佳学基因解码的发源地，佳学基因的创始人黄家学博士早在2005年便在圣地亚哥诺华基因组学研究中心工作，参与多个基因组学、免疫基因组学、反向遗传学项目。通过这一数据库，可以一键式获取 NCBI (Entrez, OMIM, ClinVar), GO, KEGG, MSiGDB, UniProt, Protein Atlas, Ensembl, JAX, DrugBank, NHGRI-EBI, DDG2P适时更新的数据。

​21. 国际衰老研究集群数据库（International Aging Research Portfolio ）IARP) – 一个经过专业研究人员审订的数据库，数据来源各种资金资助的研究成果，包括： NIH, NSF, CORDIS, Australian Research Council， 所收集的数据与支撑这些数据的科技文献直接相连。