【佳学基因检测】肿瘤基因检测与病理切片分析如何对应起来
基因解码基因检测如何审核免疫组织化学染色病理结果
对获得的FFPE肿瘤组织的样本进行基因检测验证后的MMR蛋白（MLH-1、MSH-2、MSH-6和PMS-2）进行免疫组织化学（IHC）染色，并由资深分子病理学家（HSH）对结果进行核对。此外，对手术切除的结直肠癌和胃癌（GC）患者（N=24）的组织进行CD3、CD4、CD8、FoxP3和PD-1的全玻片IHC染色。简而言之，4 每例FFPE肿瘤组织的µm厚代表性切片在二甲苯中脱蜡，并在乙醇系列中水合。阻断内源性过氧化物酶和热诱导抗原回收后，肿瘤切片在室温下培养32小时 清洗后，肿瘤切片进一步与抗鼠或抗Rabbit二级抗体孵育30分钟 切片用iView DAB检测试剂盒（美国亚利桑那州图森市文塔纳医疗系统公司）处理，并用苏木精复染。上述程序是使用基准XT autostainer系统（Ventana）执行的。主要抗体的制造商和稀释率见在线
基因解码基因检测如何进行基于数字图像的肿瘤免疫细胞群定量从而校正基因检测的临床意义
使用全景250（匈牙利布达佩斯3DHISTECH）从CD3、CD4、CD8、FoxP3和PD-1免疫染色玻片中获得全玻片图像，以量化TIL种群的密度。使用QuPath V.0.1.2.22标记每张幻灯片图像的整个肿瘤区域和外侵袭边缘。外侵袭边缘被定义为间质区域 肿瘤-基质界面外µm。使用QuPath程序中的阳性细胞检测模块对肿瘤区域的阳性细胞进行计数。作者反复校准每个免疫染色标记物的DAB信号截止值（HSH）。肿瘤区域和外侵袭边缘的阳性细胞密度计算为阳性细胞数除以肿瘤区域测量值（细胞计数/mm2）（在线补充图1A-C）。我们发现肿瘤区域和外侵袭边缘的免疫细胞密度密切相关（R=0.72–0.93，所有比较p<0.001）（数据未显示）；因此，我们在其他分析中使用了肿瘤区域的免疫细胞密度。
