【佳学基因检测】如何将肿瘤基因检测的研究结果快速应用到临床

肿瘤基因检测导读：

随着生物医学技术的不断进步，肿瘤基因检测与精准治疗逐渐成为肿瘤治疗领域的重要组成部分。基因检测能够识别肿瘤的分子特征，为医生制定个性化治疗方案提供依据。尽管当前有多种基因检测技术和生物标志物可供选择，但其在临床实践中的应用仍处于不断发展和完善之中。本文将探讨肿瘤基因检测的现状、相关技术及其在精准治疗中的重要性，分析研究与临床实践之间的“灰色地带”，并展望未来的发展方向。

肿瘤基因检测的基础

肿瘤基因检测是指通过检测肿瘤细胞中的基因突变、基因表达和其他遗传特征，以评估肿瘤的生物学行为和预后。基因检测可以帮助医生选择合适的治疗方案，提高治疗效果。

1. 主要的基因检测方法

a. 单基因检测

单基因检测是指对特定基因进行检测，以确定其突变状态。例如，在结直肠癌患者中，KRAS基因的突变状态可以指导抗EGFR治疗的选择。这类检测较为简单，适用于明确已知的生物标志物。

b. 多基因检测

随着高通量测序技术的发展，多基因检测（如NGS）逐渐成为主流。多基因检测可以同时评估多个基因的突变状态，为患者提供更全面的信息。这种检测适合于复杂的肿瘤类型，能够发现潜在的治疗靶点。

c. 全基因组测序

全基因组测序（WGS）是对整个基因组进行测序，能够识别所有可能的遗传变异。这种技术虽然成本较高，但为肿瘤的深入研究提供了丰富的数据。

2. 主要生物标志物的应用

在肿瘤的基因检测中，一些生物标志物已经成为临床实践的标准。以下是几个关键的生物标志物及其应用：

a. KRAS基因

在结直肠癌患者中，KRAS基因的突变与抗EGFR疗法（如西妥昔单抗和帕尼单抗）的疗效相关。对KRAS突变的检测已经成为临床指南推荐的标准。

b. HER2基因

在乳腺癌中，HER2基因的表达水平与抗HER2靶向治疗（如曲妥珠单抗和拉帕替尼）的应用密切相关。HER2检测的普遍采用标志着精准治疗的一个重要里程碑。

c. PD-L1表达

PD-L1的表达水平是判断免疫检查点抑制剂（如纳武单抗和帕博利珠单抗）疗效的关键因素。高PD-L1表达通常预示着更好的治疗反应。

前沿研究与临床实践之间的灰色地带

尽管肿瘤基因检测技术已经取得了显著进展，但在临床应用中仍然存在许多挑战，主要体现在以下几个方面：

1. 标记物的标准化与验证

目前，许多基因标记物仍处于“研究”阶段，尚未获得临床使用的广泛认可。例如，尽管有专家共识认为某些基因标记物具有可操作性，但国家综合癌症网络（NCCN）尚未推荐这些基因的普遍检测。这种状态使得研究与临床实践之间的转化面临困难。

2. 成本效益比的争论

随着基因检测技术的发展，检测成本逐渐降低。然而，如何评估广泛基因检测的成本效益比仍是一个有争议的话题。虽然高通量测序能够提供大量信息，但其实际应用价值仍需通过更多的临床试验进行验证。

3. 数据解读与临床决策

基因检测结果的解读通常需要专业的知识，许多临床医生可能对复杂的基因组信息感到困惑。此外，某些标记物的临床意义尚不明确，如何将基因检测结果有效地转化为治疗决策仍然是一个挑战。

佳学基因检测的优势

尽管当前肿瘤基因检测与精准治疗面临诸多挑战，但随着科技的进步与临床研究的不断深入，未来的发展前景依然广阔。

1. 扩大基因检测的应用范围

佳学基因检测致力于扩大基因检测的适用范围，探索更多潜在的生物标志物，以提升治疗的有效性。例如，研究人员正在积极寻找新的驱动基因和突变，以指导靶向治疗。

2. 增强数据共享与合作

为了加速基因检测结果的临床应用，促进数据共享与国际合作至关重要。通过建立统一的数据共享平台，研究人员和临床医生可以更有效地交流和验证检测结果，提高研究的有效性。

3. 实施个体化治疗策略

随着对肿瘤分子机制的深入理解，个体化治疗策略将成为未来治疗的主流。这要求将患者的基因检测结果与其临床表现、生活方式等信息结合起来，为患者制定量身定制的治疗方案。

4. 进行更大规模的临床试验

当前许多基因检测仍缺乏大规模的临床试验证据。未来的研究需要加强多中心、大规模的临床试验，以验证新标记物和靶向治疗的临床效益，为临床实践提供坚实的数据基础。

肿瘤基因检测的共识性结论

肿瘤基因检测与精准治疗正在为癌症治疗带来深远的变革。尽管在研究与临床实践之间仍存在一些挑战，但通过标准化检测、优化数据共享和推动个体化治疗的发展，我们有望在不久的将来实现更高效的癌症治疗。随着科学技术的进步和临床研究的深入，肿瘤基因检测的未来将充满希望，为更多患者带来福音。

根据《人体肿瘤及其基因序列变化》，不同肿瘤的临床医学基因检测位点

NSCLC					肛门癌					结直肠癌
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
MSI	NGS	10	1893	0.5	TML	NGS	6	91	33.0	KRAS	NGS	1744	3427	50.9
TML	NGS	712	4557	15.6	PD‐L1	IHC	63	191	33.0	NRAS	NGS	146	3427	4.3
PD‐L1 (22c3)	IHC	2541	5658	44.9	PIK3CA	NGS	22	92	33.0	BRAF	NGS	285	3427	8.3
ALK	IHC	10	4606	0.2	TP53	NGS	10	92	33.0	PIK3CA	NGS	600	3427	17.5
MET	NGS	84	4606	1.8	MSI	NGS	0	40	0.0	POLE	NGS	14	3424	0.4
MET	CNV	84	4606	1.8	腹膜癌					RSPO3	Fusion	32	1272	2.5
MET	Fusion	84	4606	1.8	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	MLH1	IHC	5840	6132	95.2
ALK	ISH/fusion	10	4606	0.2	KRAS	NGS	42	87	48.3	PMS2	IHC	5719	6097	93.8
ALK	NGS	10	4606	0.2	GNAS	NGS	24	87	27.6	MSH2	IHC	6011	6121	98.2
RET	Fusion	19	4164	0.5	SMAD4	NGS	10	87	11.5	MSH6	IHC	5947	6104	97.4
ROS1	Fusion	14	4186	0.3	ATM	NGS	2	87	2.3	MSI	NGS	83	1346	6.2
RET	Fusion	19	4164	0.5	BRAF	NGS	4	87	4.6	TML	NGS	247	3400	7.3
PTEN	IHC	7792	12,618	61.8	NRAS	NGS	1	87	1.1	HER2	IHC	161	8708	1.8
BRAF	NGS	165	4606	3.6	PIK3CA	NGS	3	87	3.4	HER2	CISH	129	4460	2.9
EGFR (L858R)	NGS	174	4659	3.7	MLH1	IHC	190	192	99.0	PD‐L1	IHC	196	6405	3.1
EGFR (exon 19 del)	NGS	260	4659	5.6	PMS2	IHC	189	192	98.4	PTEN	IHC	5334	11,407	46.8
EGFR T790M	NGS	62	4773	1.3	MSH2	IHC	189	192	98.4	小肠癌
EGFR tertiary	NGS	3	4659	0.1	MSH6	IHC	187	192	97.4	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
ERBB2	NGS	70	4606	1.5	MSI	NGS	1	27	3.7	KRAS	NGS	100	183	54.6
KRAS	NGS	1319	4606	28.6	TML	NGS	1	87	1.1	NRAS	NGS	3	183	1.6
NTRK1/2/3	Fusion	3	3797	0.1	PD‐L1 (SP142)	IHC	7	211	3.3	BRAF	NGS	14	183	7.7
NTRK	IHC	35	2031	1.7	PTEN	IHC	252	393	64.1	PIK3CA	NGS	26	183	14.2
PIK3CA	NGS	219	4606	4.8						POLE	NGS	1	183	0.5
DDR2	NGS	0	4606	0.0						MLH1	IHC	88	96	91.7
AKT1	NGS	9	4761	0.2						MSH2	IHC	90	96	93.8
小细胞肺癌										MSH6	IHC	89	96	92.7
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比						PMS2	IHC	89	96	92.7
MSI	NGS	0	88	0.0						MSI	NGS	10	71	14.1
TML	NGS	13	205	6.3						TML	NGS	18	182	9.9
PD‐L1	IHC	182	206	88.3						HER2	IHC	10	482	2.1
TP53	NGS	99	205	48.3						HER2	CISH	11	269	4.1
RB1	NGS	11	206	5.3						PD‐L1	IHC	25	342	7.3
NOTCH1	NGS	0	206	0.0						PTEN	IHC	264	526	50.2
RET	NGS	0	206	0.0						RSPO3	Fusion	6	57	10.5
SMO	NGS	0	49	0.0

胃食管癌					胆管癌					膀胱癌
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
ATM	NGS	31	922	3.4	IDH1	NGS	39	474	8.2	MSI	NGS	4	152	2.6
BLM	NGS	5	921	0.5	IDH2	NGS	14	474	3.0	TML	NGS	58	361	16.1
CDH1	NGS	50	921	5.4	BAP1	NGS	35	474	7.4	ATM	NGS	21	364	5.8
MLH1	NGS	6	922	0.7	PBRM1	NGS	23	474	4.9	BRCA1	NGS	12	364	3.3
MSH2	NGS	3	921	0.3	KRAS	NGS	82	474	17.3	BRCA2	NGS	17	364	4.7
MSH6	NGS	15	921	1.6	NRAS	NGS	16	474	3.4	ERCC2	NGS	0	364	0.0
PMS2	NGS	2	921	0.2	BRAF	NGS	13	474	2.7	FANCC	NGS	0	364	0.0
SMAD4	NGS	44	921	4.8	PIK3CA	NGS	30	474	6.3	FGFR3	NGS	43	364	11.8
BMPR1A	NGS	7	921	0.8	MLH1	IHC	70	73	95.9	RB1	NGS	55	364	15.1
TP53	NGS	686	922	74.4	PMS2	IHC	69	73	94.5	TSC1	NGS	23	364	6.3
PTEN	NGS	30	922	3.3	MSH2	IHC	72	73	98.6	PD‐L1	IHC	162	788	20.6
APC	NGS	58	922	6.3	MSH6	IHC	72	73	98.6	PROSTATE CANCER
STK11	NGS	17	921	1.8	MSI	NGS	1	177	0.6	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
PD‐L1	IHC	180	1804	10.0	TML	NGS	15	469	3.2	MSI	NGS	6	151	4.0
MSI	NGS	15	389	3.9	HER2/neu	IHC	40	1301	3.1	TML	NGS	15	416	3.6
TML	NGS	47	916	5.1	HER2	CISH	38	618	6.1	ATM	NGS	22	422	5.2
HER2	IHC	75	1431	5.2	PD‐L1	IHC	78	934	8.4	BRCA1	NGS	6	365	1.6
HER2	CISH	168	1323	12.7	BRAF	Fusion	2	131	0.0	BRCA2	NGS	26	365	7.1
PIK3CA	NGS	34	462	7.4	FGFR3	Fusion	1	149	0.7	AR	NGS	35	440	8.0
CDKN2A	NGS	78	922	8.5	FGFR2	Fusion	7	149	4.7	PD‐L1	IHC	25	811	3.1
胰腺癌					肝细胞癌					AR	IHC	1127	1213	92.9
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	TMPS:ERG2	Fusion	57	198	28.8
MSI	NGS	6	456	1.3	CTNNB1	NGS	53	166	31.9
TML	NGS	18	1149	1.6	TP53	NGS	56	166	33.7
KRAS	NGS	942	1164	80.9	ARID1A	NGS	8	166	4.8
NRAS	NGS	2	1164	0.2	MSI	NGS	1	69	1.4
BRAF	NGS	18	1164	1.5	TML	NGS	4	166	2.4
CDKN2A	NGS	229	1164	19.7	PD‐L1	IHC	26	366	7.1
HER2	IHC	38	2096	1.8
HER2	ISH	26	4063	0.6
PD‐L1	IHC	222	2682	8.3
ATM	NGS	42	1164	3.6
BRCA1	NGS	13	1031	1.3
BRCA2	NGS	36	1031	3.5

肾癌					子宫内膜癌					乳腺癌 (继续)
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
MSI	NGS	1	107	0.9	TML	NGS	282	1469	19.2	BRCA1	NGS	59	1960	3.0
TML	NGS	3	327	0.9	MSI	NGS	163	796	20.5	BRCA2	NGS	88	1960	4.5
BAP1	NGS	33	333	9.9	MSI	Frag analysis	267	1831	14.6	CDH1	NGS	160	2164	7.4
FH	NGS	2	332	0.6	POLE	NGS	42	1841	2.3	CHEK2	NGS	32	2169	1.5
FLCN	NGS	1	332	0.3	PTEN	NGS	1137	1843	61.7	ESR1	NGS	159	2164	7.3
MET	NGS	6	333	1.8	PIK3CA	NGS	823	1843	44.7	FLCN	NGS	3	2164	0.1
PBRM1	NGS	60	332	18.1	ARID1A	NGS	745	1841	40.5	NBN	NGS	4	2164	0.2
SDHD	NGS	0	332	0.0	HER2 (ERBB2)	NGS	21	1843	1.1	NF1	NGS	86	2169	4
SETD2	NGS	46	332	13.9	HER2 (ERBB2)	CNV	61	1867	3.3	PALB2	NGS	27	2164	1.2
TSC1	NGS	5	332	1.5	MSH6	IHC	2273	2295	99	PTEN	NGS	143	2169	6.6
TSC2	NGS	2	332	0.6	MSH2	IHC	2301	2306	99.8	STK11	NGS	15	2164	0.7
VHL	NGS	153	333	45.9	PMS2*	IHC	1887	2293	82.3	TP53	NGS	1203	2169	55.5
PD‐L1	IHC	117	630	18.6	MLH1*	IHC	1912	2298	83.2	GLIOBLASTOMA
卵巢癌					PD‐L1	IHC	460	4502	10.2	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	宫颈癌					IDH1	NGS	161	851	18.9
MSI	NGS	23	1484	1.5	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	IDH2	NGS	3	851	0.4
TML	NGS	63	3434	1.8	MSI	NGS	2	116	1.7	BRAF	NGS	17	851	2.0
BRCA1	NGS	238	2924	8.1	TML	NGS	20	305	6.6	MSI	NGS	1	265	0.4
BRCA2	NGS	180	2922	6.2	TP53	NGS	56	307	18.2	TML	NGS	28	847	3.3
ATM	NGS	63	3463	1.8	PIK3CA	NGS	92	307	30.0	ATRX	NGS	59	851	6.9
PIK3CA	NGS	290	3463	8.4	PD‐L1	IHC	191	802	23.8	CIC	NGS	18	851	2.1
PTEN	NGS	158	3463	4.6	BREAST CANCER					FUBP1	NGS	8	851	0.9
KRAS	NGS	253	3463	7.3	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	MGMT	Methylation	828	1773	46.7
NF1	NGS	170	3463	4.9	MSI	NGS	5	779	0.6	1p19q	FISH	52	779	6.7
ARID1A	NGS	279	3458	8.1	TML	NGS	76	2146	3.5.0	EGFRvIII	Fusion	87	630	13.8
SMARC4A	NGS	19	3452	0.6	PD‐L1	IHC	389	5519	7	EGFR	CNV	257	828	31
ER	IHC	7947	16,384	48.5	AR	IHC	5698	11,114	51.3	PD‐L1	IHC	209	1346	15.5
PR	IHC	4698	16,353	28.7	ER	IHC	5598	9404	59.5	NTRK	Fusion	8	404	2.0
PD‐L1	IHC	748	8693	8.6	PR	IHC	3806	9362	40.7	MET	Fusion	11	404	2.7
					HER2	IHC	900	9299	9.7	EGFR	Fusion	3	404	0.7
					HER2	CISH	726	6087	11.9	FGFR3	Fusion	12	404	3.0
					ATM	NGS	50	2169	2.3	BRAF	Fusion	2	404	0.5
										PDGFRA	Fusion	1	404	0.2

肉瘤					黑色素瘤					葡萄膜黑色素瘤
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比	检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
MSI	NGS	6	350	1.7	MSI	NGS	0	293	0.0	MSI	NGS	0	22	0.0
TML	NGS	32	1025	3.1	TML	NGS	289	774	37.0	TML	NGS	3	97	3.1
RB1	NGS	63	1034	6.1	BRAF	NGS	313	782	40.0	BAP1	NGS	49	99	49.5
NF1	NGS	51	1036	4.9	KIT	NGS	20	801	2.0	GNA11	NGS	43	99	43.4
KIT	NGS	1	601	0.2	MEK1	NGS	27	782	4.0	GNAQ	NGS	48	99	48.5
PDGFRA	NGS	0	1036	0.0	NF1	NGS	189	782	24.0	SF3B1	NGS	11	99	11.1
EWSR1	Fusion	3	28	10.7	NRAS	NGS	197	782	25.0	PD‐L1	IHC	21	139	15.1
RET	Fusion	1	469	0.2	CDKN2A	NGS	111	782	14.0
ALK	Fusion	3	470	0.6	PTEN	NGS	47	782	6.0
NTRK1	Fusion	1	469	0.2	MDM2	CNV	16	749	2.0
RAF1	Fusion	1	28	3.6	PD‐L1	IHC	452	1381	33.0
PD‐L1	IHC	505	2386	21.2
HNSCC头颈部鳞状细胞癌
检测位点	检测技术	阳性样本数量	全部样本数量	占比
MSI	NGS	1	164	0.6
TML	NGS	24	324	7.4
TP53	NGS	201	326	61.7
PIK3CA	NGS	43	326	13.2
PD‐1	IHC	250	340	73.5
PD‐L1	IHC	255	721	35.4

缩写：AR，雄激素受体；CISH，显色原位杂交；CNV，拷贝数变异；del，缺失；ER，雌激素受体；FISH，荧光原位杂交；Frag分析，片段分析；HNSCC，头颈部鳞状细胞癌；IHC，免疫组织化学；ISH，原位杂交；MSI，微卫星不稳定性；NGS，下一代测序；NSCLC，非小细胞肺癌；PD-1，程序性细胞死亡蛋白1；PD-L1，程序性死亡配体1；PR，孕酮受体；TML，肿瘤突变负荷。

(责任编辑：佳学基因)