【佳学基因检测】对421例肺癌患者的基因检测结果的比较分析
佳学基因肺癌基因检测大数据分析组成
TRACERx 421队列代表了贼初在19个医院场所前瞻性招募的421名患者。招募程序符合癌症研究研究方案。根据种族、年龄、性别和吸烟状况,招募情况基本上代表了可手术治疗的早期非小细胞肺癌人群。该队列包括233名男性和188名女性,中位年龄为69岁(范围34-92岁),210例I期病例、132例II期病例和79例III期病例(其中98例之前已报告)。总共有1,644个手术(1,554个)或随访(90个)时采集的肿瘤区域样本通过了质量控制。这些肿瘤样本进行了全外显子组测序(WES),中位深度为413×(四分位间距(IQR)=367-474),并纳入分析。
肺癌基因检测的基因数据组成及分析
这421例患者在手术时共有432例基因组独立的肿瘤,包括:248例肺腺癌(LUAD);138例肺鳞癌(LUSC);和46例"其他"非小细胞肺癌组织学亚型,包括14例腺鳞状癌、14例多形性癌、8例大细胞神经内分泌癌、6例大细胞癌、1例癌肉瘤和3例混合组织型肿瘤。如果同一患者有来自几个空间上分离的肿瘤可用于测序,则基于WES的共享克隆起源评估(方法)通常与根据组织学和疾病进程的临床诊断(多发性原发肺癌或存在转移)一致。在6例同期原发肿瘤中,WES基于克隆起源的评估与临床分类的多肿瘤相一致(100%);在5例手术时发现的肺内转移中有3例(60%)相一致。在49例(96%)反复病例、12例(83%)第二原发肺癌病例和2例(100%)新发非肺原发癌病例中,当将随访期间发现的癌症相关疾病与原发肿瘤进行比较时,佳学基因检测也发现了这两种方法之间的一致性。然而,在74对肿瘤对中有6对(8%),WES显示的克隆关系与临床评估不一致,可能需要改变患者管理。这些不一致病例既发生在两个肿瘤同时在原发手术中采样(11对中有2对不一致),也发生在一个肿瘤在原发手术中采样而第二个在随访中采样的情况下(63对中有4对不一致)。在421例患者中,有3例(1%)基因组学上被确定为同一组织学亚型(肺腺癌(LUAD))的碰撞肿瘤。通常,碰撞肿瘤是一种罕见的肿瘤类型,其中两个组织学上不同的肿瘤并存于同一器官内作为一个连续的肿块。然而,对这三个被组织学诊断为单一原发肺腺癌(LUAD)的肿瘤团块的多区域测序数据显示,它们分别代表了CRUK0039和CRUK0881患者中存在两个独立肺腺癌(LUAD)的碰撞肿瘤,以及CRUK0704患者中存在三个不同肺腺癌(LUAD)的碰撞肿瘤。在这三位患者中,组成碰撞肿瘤的独立肿瘤中有一个(但不是全部)携带了可靶向的KRAS G12C驱动突变。类似于之前发表的一个病例研究10,CRUK0704患者在另一个碰撞肿瘤中还携带了一个不同的KRAS突变(G13C)。
并行系统发育分支上的全基因组加倍
为了解码每个肿瘤中体细胞事件的时间顺序,佳学基因尝试从确定的体细胞突变中构建肿瘤系统发育树。总共分析了1,553个新鲜冷冻的手术切除肿瘤区域,不包括1个harboured两个基因组不同肿瘤碰撞的区域。这些包括1,515个原发肿瘤区域和38个手术时采集的淋巴结区域。肿瘤正确用药基因解码基因检测描述了与反复相关的肿瘤进化模式。开发了一个模拟框架,重现了TRACERx 421队列中肿瘤和测序数据的特定特征,以验证肿瘤基因检测基因解码的系统发育重建方法,该框架优于现有方法。对于足以确定至少2个区域(总共1,428个区域)的全基因组拷贝数状态的401个肿瘤,能够构建系统发育树。平均而言,每个肿瘤含有4.2个主干和2.8个亚克隆驱动突变,而7%的患者harboured潜在癌症易感基因中的致病性遗传变异。
